Glossary entry

English term or phrase:

QB-binding niche

Russian translation:

сайт/участок связывания пластохинона Qb

Added to glossary by Natalie
Jul 16, 2023 13:35
11 mos ago
13 viewers *
English term

QB-binding niche

English to Russian Science Chemistry; Chem Sci/Eng Biochemistry, photosynthesis
Thus, the second herbicide of the combination is a photosystem II inhibitor that inhibits photosynthesis by binding to the QB-binding niche on the D1 protein of the photosystem II complex in chloroplast thylakoid membranes.
Change log

Jul 17, 2023 18:15: Oleg Lozinskiy Created KOG entry

Aug 16, 2023 14:35: Natalie changed "Edited KOG entry" from "<a href="/profile/1620746">Oleg Lozinskiy's</a> old entry - "QB-binding niche"" to ""QB-связывающая ниша""

Discussion

Marlin31 Jul 17, 2023:
В химии белков, и ферментов в частности, терминология не столь единообразна и строга как где-нибудь в алгебре или матанализе. Обычно каталитический центр в ферментах или сайт связывания в белках расположен в некотором углублении в белковой глобуле. А уж как авторы назовут это 3-х мерное пространство в белке - дело вкуса: binding pocket, cavity, cleft, niche, site,etc. Соответственно переводчики тоже могут перевести эти термины, исходя из своих предпочтений: карман, полость, ниша, область связывания и т.д. Поэтому никто из читающих такие тексты не будет придавать этому большое значение.
P.S. Самое главное, что никто не сможет вразумительно объяснить в чем разница между всеми этими терминами.
mk_lab (asker) Jul 17, 2023:
Я все больше склоняюсь к варианту оставить как есть. Видно, что единого общепринятого термина для этой загогулины пока нет. Ни на одном из языков. Пусть уж остается ниша, так ниша.
Все претензии к авторам. Я не виноват. А вы все - свидетели ;)
cherepanov Jul 17, 2023:
To Marlin31 Похоже, Вы правы насчет кармана, который представлен как "pocket" здесь: https://books.google.com/books?id=HUpJAAAAQBAJ&pg=PA155&lpg=...

В Abstract: ..herbicides has an ability to replace the plastoquinone Qb from its binding pocket located in the D1 protein,...
Marlin31 Jul 17, 2023:
Кстати, и карман, и полость связывания - вполне официальные термины, достаточно погулить "в кармане связывания" или "в полости связывания". Ниша связывания встретилась только в патентах по поводу фотосинтеза, но не думаю, что этот вариант перевода для "binding niche" чем-то плох. Молекулярщики и биохимики поймут о чем речь.
Marlin31 Jul 17, 2023:
Поправлю немного ссылку:
https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC8398153/
Вообще, будет полезно прочитать введение целиком и учесть то, что эта статья 2021 года, т.е. по сравнению с патентом это: 1) научная статья из реферируемого журнала; 2) опирается на более поздние (и более точные) данные. Потому то, что в патенте обозвано тремя сайтами связывания в Qb-нише теперь уже 2 предпочтительные ориентации связывания в кармане связывания Qb (preferential binding orientation within the D1 QB binding pocket). Но, чтобы не искажать написанное в патенте, можно, как уже писал, перевести и как карман, и ниша, и полость связывания Qb. История с патентом хорошо показывает насколько вся эта терминология условна и весьма произвольна.
mk_lab (asker) Jul 17, 2023:
Все это означает только то, что в терминологии в этой области (и не только в том, что вышло из-под пера переводчиков) полный бардак. Я все это "разнообразие" (не надо его приписывать ни к европейской, ни к какой другой системе) вижу. Вот и хотелось бы узнать, есть ли строгий однозначный термин для этих "ниш" (прости господи)
Oleg Lozinskiy Jul 17, 2023:
To: ASKER Михаил,

До кучи привожу цитаты из пары других схожих патентов того же патентообладателя: в российском - "сайт связывания" подразделяется на "связывающие участки", а в европейском "ниша связывания" подразделяется на "сайты связывания":

«Ингибиторы фотосистемы II» (b1) представляют собой химические соединения, которые связываются с белком D-1 на сайте связывания QB и таким образом блокируют транспорт электронов от QA к QB в тилокалоидных мембранах хлоропластов... Сайт связывания QB имеет три разных связывающих участка:... - https://yandex.ru/patents/doc/RU2745802C2_20210401

Ингибиторы фотосистемы II (b1) представляют собой химические соединения, которые связываются с белком D-1 в нише связывания QB и, следовательно, блокируют транспорт электронов от QA к QB в тилакоидных мембранах хлоропластов... Ниша связывания QB имеет три различных сайта связывания: https://patents.google.com/patent/EA032798B1/ru
Marlin31 Jul 17, 2023:
Авторы - это Ахим Требст и его статья 1987 года: The Three-Dimensional Structure of the Herbicide Binding Niche on the Reaction Center Polypeptides of Photosystem II. А в ссылке с DOI 10.3390/plants10081501 (https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC8398153/) в третьем абзаце Введения все это кратко описано. Кроме того, в этой работе авторы используют и сайт(область), и нишу, и карман связывания для QB одинаково равнозначно. О том и написал, но приходится повторяться. Не нравится ниша, можно использовать карман или полость связывания, если хочется оттенить какие-то топологические характеристики области связывания. Принципиального значения это не имеет от слова "совсем".
mk_lab (asker) Jul 17, 2023:
То Marlin31 "Назвали авторы нишей и что? А могли бы и карманом назвать. Тоже нормально" ©

Авторы соригинальничали, но все-же назвали не "нишей", а "niche", которую можно перевести на русский по-разному. Какое-то дешевое (скорее всего, государственное) бюро переводов перевело в лоб как "ниша". Но эта "ниша" больше нигде не встречается. Хотелось бы подобрать более общепринятый вариант. Я, например. вижу несколько вариантов: "участок", "зона" и т.д., которые встречаются для такого случая в русскоязычной литературе

mk_lab (asker) Jul 17, 2023:
To Oleg Lozinsky Олег, если вы часто читали/переводили патенты, то знаете, что такого жуткого бардака с терминологией, как в этой области, нет нигде. А уж как УТВЕРЖДАЮТ патенты мы знаем (у меня у самого 4 патента).
Marlin31 Jul 16, 2023:
Никакого "потайного" смысла в этой терминологии нет. Назвали авторы нишей и что? А могли бы и карманом назвать. Тоже нормально. Все эти термины вполне взаимозаменяемы и потому нет смысла что-то искать между строк. Назвал Требст этот сайт (участок) связывания нишей, значит так захотел. Вот тут можно почитать детальнее: 10.3390/plants10081501 - третий абзац во Введении. Там по тексту, кстати, и участок, и карман, и ниша связывания используются взаимозаменяемо.
Есть, правда, и такой мотив для участков связывания как "ниша":
https://ru.wikipedia.org/wiki/Мотив_(молекулярная_биология)
описан тут: A Novel Main Chain Motif in Proteins Bridged by Cationic Groups: The Niche
но это совсем другая история.
Oleg Lozinskiy Jul 16, 2023:
To: ASKER Если сейчас Вы переводите другой патент тех же англоязычных авторов на ту же самую тему, то может быть стоит сохранить "преемственность", чтобы не вызывать ненужных вопросов относительно "различий в патентах"? Уж как назвали (и УТВЕРДИЛИ) на русском в предыдущем случае (НЕ ОДИН СПЕЦИАЛИСТ БЫЛ К ЭТОМУ ПРИЧАСТЕН), так тому и быть.

Proposed translations

24 mins
Selected

QB-связывающая ниша

Ингибиторы фотосистемы II" (b1) являются химическими соединениями, которые связывают D 1 белок в QB связывающей нише и в результате блокируют перенос электронов из QA в QB в тилакоидных мембранах хлоропластов. Электроны, для которых закрыто прохождение через фотосистему II, участвуют в ряде реакций с образованием токсичных соединений, которые разрушают клеточные мембраны и вызывают набухание хлоропласта, утечку из мембран и в конечном итоге разрушение клеток. QB связывающая ниша имеет три различных сайта связывания: сайт связывания A связывает триазины, такие как атразин, триазиноны, такие как гексазинон, и урацилы, такие как бромацил, сайт связывания B связывает фенилмочевины, такие как диурон, и сайт связывания C связывает бензотиадиазолы, такие как бентазон, нитрилы, такие как бромоксинил, и фенилпиридазины, такие как пиридат. Примеры ингибиторов фотосистемы II включают аметрин, амикарбазон, атразин, бентазон, бромацил, бромофеноксим, бромоксинил, хлорбромурон, хлоридазон, хлортолурон, хлорксурон, кумилурон, цианазин, даимурон, десмедифам, десметрин, димефурон, диметаметрин, диурон, этидимурон, фенурон, флуометурон, гексазинон, иоксинил, изопротурон, изоурон, ленацил, линурон, метамитрон, метабензтиазурон, метобромурон, метоксурон, метрибузин, монолинурон, небурон, пентанохлор, фенмедифам, прометон, прометрин, пропанил, пропазин, пиридафол, пиридат, сидурон, симазин, симетрин, тебутиурон, тербацил, тербуметон, тербутилазин, тербутрин и триэтазин.
https://patents.google.com/patent/RU2720994C2/ru
Note from asker:
Этот патент (точнее его русскоязычный вариант) тех же самых англоязычных авторов, другой патент которых я сейчас перевожу. Что-то эта "связывающая ниша" в таком контексте на русском больше нигде не встречается. Есть ощущение, что эта "ниша" как-то по другому должна называться
Something went wrong...
4 KudoZ points awarded for this answer. Comment: "Спасибо всем участникам обсуждения! "
+1
2 hrs

сайт связывания пластохинона Qb

https://istina.msu.ru/projects/108009502/

Разработка имитационной модели, реконструирующей электронтранспортные процессы в фотосистеме 2 зеленых растений

...Т.е. от начальной степени восстановленности (после темновой адаптации) пулов подвижных внутримембранных переносчиков (пластохинон) и компонентов фотосинтетического реакционного центра (первичного хинона Qa и сайта связывания пластохинона - Qb).

--------------------------------------------------
Note added at 5 hrs (2023-07-16 18:58:50 GMT)
--------------------------------------------------

О фотосистеме II (ФСII) и сайтах связывания:

https://visacon.ru/stati/46599-fotosistema-ii.html
В ФСII есть два сайта связывания пластохинонов: в одном из них (QA·Fe2+) постоянно находится связанный пластохинон в комплексе с железом, а второй сайт (QB) способен обратимо связывать свободные пластохиноны мембраны.

--------------------------------------------------
Note added at 5 hrs (2023-07-16 19:03:46 GMT)
--------------------------------------------------

Встречается "участок" вместо "сайта":
https://www.researchgate.net/profile/Hazem_Kalaji/publicatio...
...(QB – участок, связывающий пластохинон) .
Note from asker:
Спасибо, Дима. Я так и думал, но смутило почему авторы (вполне себе англоязычные) так вычурно обозвали самый обычный термин. "QB-binding site" встречается часто и повсюду. Думал, тут есть какой-то нюанс
Все-таки, похоже, есть нюансы.
Peer comment(s):

agree mikhailo
13 hrs
Спасибо!
Something went wrong...
Term search
  • All of ProZ.com
  • Term search
  • Jobs
  • Forums
  • Multiple search